Проект Templet

Эта страница только для чтения. Вы можете посмотреть её исходный текст, но не можете его изменить. Сообщите администратору, если считаете, что это неправильно.
===== Запуск приложений на суперкомпьютере "Сергей Королёв" =====

==== Удалённый доступ ====
Удаленный доступ на кластеры, возможен только с ip адресов корпоративной сети СГАУ и ip-адресов, которые были указаны в заявке на регистрацию пользователя.
Самое простое - использовать какую-нибудь промежуточную машину и войти на неё, а с неё на кластер.
<code>ssh <username>@sk.ssau.ru</code>

==== Передача файлов ====
<code>scp <local_file> sk.ssau.ru:/home/<username>/ </code>

==== Пример запуска параллельного приложения на одной ноде ====
<code c test.c>
#include <omp.h>
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
 
int main (int argc, char *argv[]) {
  int th_id, nthreads;
  #pragma omp parallel private(th_id)
  {
    th_id = omp_get_thread_num();
    printf("Hello World from thread %d\n", th_id);
    #pragma omp barrier
    if ( th_id == 0 ) {
      nthreads = omp_get_num_threads();
      printf("There are %d threads\n",nthreads);
    }
  }
  return EXIT_SUCCESS;
}
</code>
Собираем:
<code bash>gcc -fopenmp test.c -o test</code>
Тестируем (НИКОГДА НЕ ДЕЛАЙТЕ ТАК!!!):
<code bash>
$ ./test
Hello World from thread 15
Hello World from thread 2
Hello World from thread 5
Hello World from thread 14
Hello World from thread 9
Hello World from thread 6
Hello World from thread 1
Hello World from thread 0
Hello World from thread 13
Hello World from thread 11
Hello World from thread 8
Hello World from thread 12
Hello World from thread 3
Hello World from thread 10
Hello World from thread 4
Hello World from thread 7
There are 16 threads
</code>

Для запуска в пакетной системе напишем командный файл
<code bash myjob.pbs>
#!/bin/bash
#PBS -N myjob
#PBS -l walltime=10:00:00
#PBS -l nodes=1:ppn=8
#PBS -j oe
cd $PBS_O_WORKDIR
./test
</code>

Добавляем в очередь(пример):
<code bash>
[user@mgt1 ~]$ qsub myjob.pbs
1234.mgt1
</code>

Смотрим прогресс выполнения:
<code bash>
[user@mgt1 ~]$qstat -a
 
mgt1: 
                                                                          Req'd  Req'd   Elap
Job ID               Username    Queue    Jobname          SessID NDS   TSK    Memory Time  S Time
-------------------- ----------- -------- ---------------- ------ ----- ------ ------ ----- - -----
42659.mgt1           popov       batch    Mesh3300_mesh330    --      4     48    --  12:00 Q   --
1234.mgt1            user        batch    myjob              3456     1      8    --  00:00 C 00:00
</code>
Завершено. Смотрим вывод:
<code bash>
[user@mgt1 ~]$ cat myjob.o1234 
./test: error while loading shared libraries: libgomp.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory
 
============ Begin epilogue script =============
ssh to: n134 and cleanup /tmp dir
============ End epilogue script =============
 
============ Begin epilogue script =============
ssh to: n134 and cleanup /tmp dir
============ End epilogue script =============
</code>

==== Пример запуск приложения на нескольких нодах ====

TODO

==== Ссылки ====
  * [[http://hpc.ssau.ru/node/22|Работа на кластере "Сергей королев"]]
  * [[http://hpc.ssau.ru/node/20|Удаленный вход на кластеры]]
  * [[https://wikis.nyu.edu/display/NYUHPC/Tutorial+-+Submitting+a+job+using+qsub|Submitting a job using qsub]]