Проект Templet

• подключится по ssh к управляющему узлу кластера
• скопировать исходный код приложения на управляющий узел
• перед сборкой и запуском необходимо выбрать используемую версию MPI

На суперкомпьютере «Сергей Королёв» доступны несколько реализаций MPI:

• Intel MPI 3
• Intel MPI 4
• OpenMPI 1.4.5
• OpenMPI 1.6

Для выбора используемой версии MPI необходимо выполнить команду module load

module load impi/3        # для выбора Intel MPI 3
module load impi/4        # для выбора Intel MPI 4
module load openmpi-1.4.5 # для выбора OpenMPI 1.4.5
module load openmpi       # для выбора OpenMPI 1.6

• собрать приложение в данном окружении. В данном примере это потребует вызова команды:

[user@mgt1 ~]$ make

• необходимо создать файл задания для системы пакетной обработки заданий torque

myjob.pbs

#!/bin/bash
#PBS -N myjob
#PBS -l walltime=10:00:00
#PBS -l nodes=1:ppn=8
#PBS -j oe
cd $PBS_O_WORKDIR
./test

• добавить задачу в очередь

[user@mgt1 ~]$ qsub myjob.pbs
1234.mgt1

• для проверки процесса выполнения задачи необходимо использовать утилиту qstat

[user@mgt1 ~]$qstat -a
 
mgt1: 
                                                                          Req'd  Req'd   Elap
Job ID               Username    Queue    Jobname          SessID NDS   TSK    Memory Time  S Time
-------------------- ----------- -------- ---------------- ------ ----- ------ ------ ----- - -----
42659.mgt1           popov       batch    Mesh3300_mesh330    --      4     48    --  12:00 Q   --
1234.mgt1            user        batch    myjob              3456     1      8    --  00:00 C 00:00

• после завершения скопировать выходные файлы с управляющего узла и просмотреть вывод приложения

[user@mgt1 ~]$ cat myjob.o1234
All tasks processed successfully.

Необходимо создать проект, указав добавленный ранее репозиторий и путь проекта в репозитории. Шаблоны используются только для проектов на основе TempletSDK, поэтому необходимо выбрать пункт «Без шаблона».

Для запуска приложения проекта на исполнение, необходимо создать задачу. Для создания задачи необходимо нажать кнопку «Новая задача» на странице «Задачи». После чего необходимо выбрать проект, окружение для запуска, ожидаемое время исполнения, установить флажок «Использовать MPI» и выбрать файл данных для обработки, который будет распакован в директорию приложения. Также необходимо выбрать конфигурацию используемых узлов. Для MPI приложения без использования OpenMP необходимо запускать по одной копии на каждое вычислительное ядро, поэтому указывается 8 процессов на узел. Нажать кнопку «Запланировать»

После этого задача будет добавлена в очередь на развёртывание. После чего можно отслеживать процесс развёртывания и исполнения на странице: